Tuy nhiên, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định hiện hành chưa có quy định hướng dẫn về việc hoàn lệ phí hải quan. Vì vậy, để thực hiện được việc cấn trừ lệ phí hải quan, DN cần lập danh sách các tờ khai thuộc đối tượng miễn thu phí, lệ phí nhưng hệ thống đã trừ tiền phí gửi cơ quan Hải quan.
Cơ quan Hải quan sẽ căn cứ vào danh sách tờ khai miễn thu phí, lệ phí hải quan của DN, kiểm tra rà soát, đối chiếu để xử lý khôi phục lại số tiền đã trừ của các tờ khai thuộc đối tượng miễn thuế. Căn cứ số tiền phí và lệ phí đã giảm tương ứng với số tiền trừ nhầm của DN, cơ quan Hải quan lập ủy nhiệm chi gửi Kho bạc nhà nước chuyển từ tài khoản phí, lệ phí cơ quan Hải quan sang tài khoản tiền gửi của DN để phục hồi số tiền đã trừ của DN.
Được biết, theo quy định tại Khoản 2 Điều 3 Thông tư 274/2016/TT-BTC thì: “hàng hóa XK, NK gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh có trị giá từ 1 triệu đồng Việt Nam trở xuống hoặc có số tiền thuế (các khoản thuế theo quy định) phải nộp dưới 100 nghìn đồng Việt Nam” được miễn tiền phí, lệ phí hải quan thuộc các tờ khai có giá trị thấp theo quy định tại Thông tư 191/2015/TT-BTC.
Tuy nhiên, trên Hệ thống kế toán tập trung đang cập nhật thông báo lệ phí hải quan và trừ nhầm vào tài khoản tiền gửi của DN chuyển phát nhanh được nộp trước vào tài khoản tiền gửi của cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước.