Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu làm Phó Trưởng ban Thường trực, và một Phó trưởng ban khác là Chánh Văn phòng Tổng cục Hải quan. Các thành viên bao gồm: Cục trưởng Cục giám sát quản lý về Hải quan, Cục trưởng Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Vụ trưởng Vụ Tài vụ, Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ và Trưởng Ban Quản lý rủi ro hải quan. Nhiệm vụ của các thành viên do Trưởng Ban Chỉ đạo, phân công.
Nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo là: tham mưu giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố trong lĩnh vực hải quan; Phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Tài chính, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn khác do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan giao.
Được biết, Ban Chỉ đạo có bộ phận thường trực đặt tại Cục Điều tra chống buôn lậu do Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu- Phó Trưởng ban Thường trực chỉ đạo, trực tiếp phụ trách. Ban chỉ đạo được huy động cán bộ, công chức của đơn vị có liên quan khi cần thiết.