Theo ông Quách Ngọc Tuấn, Phó Vụ trưởng Vụ Pháp chế, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, ngay sau khi Luật có hiệu lực thi hành, Bộ đã có các công văn hướng dẫn thực hiện, bảo đảm triển khai hoạt động đầu tư theo Luật mới ngay từ ngày có hiệu lực thi hành.
Theo đó, cơ quan chức năng đã ban hành 5 Nghị định hướng dẫn, 2 thông tư biểu mẫu và ban hành 50 Nghị định quy định về điều kiện đầu tư kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư, đồng thời thành lập Tổ công tác thi hành Luật đầu tư, Luật doanh nghiệp.
Tuy nhiên, theo ông Quách Ngọc Tuấn, trong quá trình thực thi Luật Đầu tư đã phát sinh nhiều tồn tại, vướng mắc. Trước hết, thực tiễn thi hành Luật cho thấy, có nhiều ngành, nghề không còn cần thiết là ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện hoặc có sự trùng lặp trong quy định, nhiều ngành, nghề cần điều chỉnh nội dung và một số ngành, nghề cần phải bổ sung.
Khái niệm điều kiện đầu tư, kinh doanh chưa đủ rõ để phân biệt với các quy định khác như quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật, điều kiện trật tự, an toàn xã hội ...
Cũng theo đại diện Bộ Kế hoạch Đầu tư, quan hệ giữa nhà đầu tư, DN và dự án chưa rõ khi nhà đầu tư nước ngoài thành lập DN. Bên cạnh đó, nhà đầu tư còn cho rằng quyết định chủ trương đầu tư và cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là hai thủ tục độc lập, trong khi đó luật đang quy định chủ trương đầu tư là một bước trong quy trình cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Bên cạnh những tồn tại trong nội tại Luật Đầu tư, đã phát sinh những vướng mắc trong mối quan hệ giữa Luật đầu tư với các luật khác. Đơn cử, Luật Đầu tư và Luật Doanh nghiệp còn có vướng mắc trong các quy định liên quan đến các trường hợp đăng ký góp vốn, mua cổ phần, điều chỉnh nhà đầu tư với thay đổi cổ đông, thành viên. Vướng mắc cũng tồn tại trong quy định về thời điểm phê duyệt đánh giá tác động môi trường giữa Luật Đầu tư và Luật Bảo vệ môi trường.