Theo lý giải của cơ quan chức năng, Điều 47 Luật Quản lý thuế chỉ quy định việc xử lý thuế đối với số tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa trong thời hạn 10 năm, chưa quy định cách thức xử lý đối với các khoản nộp thừa quá 10 năm. Do đó, trên hệ thống kế toán tập trung cơ quan quản lý thuế vẫn phải theo dõi khoản tiền này.
Hiện nay, có phát sinh tình huống doanh nghiệp nộp thừa tiền thuế vào ngân sách nhà nước đã quá thời hạn 10 năm thì không thực hiện hoàn thuế nhưng chưa có quy định xử lý số tiền này như thế nào để hạch toán trên hệ thống kế toán tập trung. Do đó, hệ thống kế toán tập trung vẫn phải theo dõi như số tiền nộp nhầm, nộp thừa trong thời hạn 10 năm.
Bộ Tài chính muốn bổ sung quy định về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quá 10 năm để cơ quan quản lý thuế không phải theo dõi khoản tiền thuế thừa quá thời hạn 10 năm trên hệ thống kế toán tập trung.
Theo đó, tại dự thảo tờ trình Đề nghị xây dựng Luật quản lý thuế (Sửa đổi), Bộ Tài chính kiến nghị, để đảm bảo phù hợp với thực tế, tạo thuận lợi cho người nộp thuế cần quy định đối với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quá 10 năm theo hướng cho người nộp thuế được khấu trừ vào số tiền thuế phải nộp ở kỳ tiếp theo đối với doanh nghiệp còn hoạt động, còn địa chỉ kinh doanh.
Cơ quan quản lý thuế sẽ xử lý nộp ngân sách nhà nước số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quá 10 năm trong trường hợp: cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa, hoặc cơ quan quản lý thuế không xác định được địa chỉ người nộp thuế và đã thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng trong thời hạn quá 30 ngày mà người nộp thuế không đến làm thủ tục hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
Việc sửa đổi này không mang lại tác động tiêu cực với việc quản lý thuế hiện nay,đồng thời giúp cơ quan quản lý thuế không phải theo dõi khoản tiền thuế thừa quá thời hạn 10 năm trên hệ thống kế toán tập trung, đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp và công khai, minh bạch về thông tin các khoản tiền được hoàn trả quá 10 năm.