Công văn nêu rõ,ăngcườngquảnlýkếtnốiliênthôngcơsởcungứngthuốxếp hạng c2 qua tổng hợp dữ liệu trên Hệ thống cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia, đến nay mới chỉ có 68,93% cơ sở được cấp tài khoản thực hiện liên thông dữ liệu với Hệ thống (nhà thuốc đạt 80,55%), trong đó, một số địa phương có tỉ lệ liên thông rất thấp, như: Tỉnh Quảng Nam đạt 13,97% (nhà thuốc đạt 11,81%), tỉnh Đắk Lắk đạt 17,14% (nhà thuốc đạt 61,53%), tỉnh Gia Lai đạt 21,62% (nhà thuốc đạt 39,67%).
Bên cạnh đó, hầu hết các địa phương còn một số tồn tại chủ yếu như sau: Số liệu về tài khoản liên thông kết nối trên Hệ thống cơ sở dữ liệu Quốc gia còn trùng lặp và chưa chính xác, trong đó vẫn còn có tình trạng 1 cơ sở bán lẻ thuốc có nhiều hơn 1 tài khoản liên thông kết nối; loại hình kinh doanh được cấp tài khoản liên thông không đúng với loại hình cơ sở bán lẻ đã đăng ký hoạt động trong Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh.
Có hiện tượng cơ sở bán lẻ thuốc nhập sai hoặc cố tình nhập sai số liệu về xuất nhập tồn và hạn dùng của thuốc để liên thông lên Hệ thống cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia.
Một số đơn vị cung cấp phần mềm có tính năng hỗ trợ cơ sở bán lẻ thuốc lựa chọn dữ liệu để cập nhật liên thông lên Hệ thống cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia trong khi dữ liệu đã nhập đầy đủ trên phần mềm dẫn đến dữ liệu liên thông từ các cơ sở bán lẻ thuốc lên Hệ thống không đầy đủ và không trùng khớp giữa hệ thống phần mềm của cơ sở bán lẻ thuốc và số liệu trên Hệ thống Cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia.
Ngày 14/2/2020, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ký Quyết định số 412/QĐ-BYT về ban hành Quy chế tạm thời quản lý, sử dụng Hệ thống Cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia (Quy chế số 412) nhằm tăng cường quản lý kết nối liên thông cũng như xác định rõ quyền và trách nhiệm của các đơn vị có liên quan đến Hệ thống Cơ sở dữ liệu Dược Quốc gia.